Việc phân loại chi Sousa là phức tạp và gây tranh cãi. Người ta đã đưa ra đề nghị cho tới 5 loài như sau:

• Sousa chinensis: cá heo lưng bướu, cá heo lưng bướu Ấn Độ-Thái Bình Dương, cá heo lưng bướu Thái Bình Dương, cá heo trắng Trung Hoa.
• Sousa plumbea: cá heo lưng bướu Ấn Độ Dương, cá heo lưng bướu da chì.
• Sousa teuszi: cá heo lưng bướu Đại Tây Dương.
• Sousa lentiginosa
• Sousa borneensis

Vào giữa thập niên 1990 phần lớn các học giả (,[1][2][3]) chỉ chấp nhận 2 loài—là cá heo lưng bướu Đại Tây Dương và cá heo lưng bướu Ấn Độ-Thái Bình Dương. Tuy nhiên, Rice, trong hệ thống phân loại được sử dụng rộng rãi của ông năm 1998 ([4]) công nhận 3 loài, xem xét loài Ấn Độ-Thái Bình Dương như là hai loài khác biệt. Đường phân chia giữa hai (phân) loài này là Sumatra, một trong các quần đảo của Indonesia. Tuy nhiên, sự pha trộn là chắc chắn xảy ra.

Ngoài ra, nhà nghiên cứu cá voi người Australia là Graham Ross đã viết "Tuy nhiên, các nghiên cứu hình thái học gần đây, ở mức độ nào đó được hỗ trợ không rõ ràng bởi các phân tích bộ gen, chỉ ra rằng ở đây là một loài riêng biệt, có thể biến đổi mà đối với nó tên gọi S. chinensis có độ ưu tiên cao".[5]

Cá heo lưng bướu được tìm thấy trong các vùng biển của Trung Quốc được người dân địa phương gọi là中華白海豚 (Trung Hoa bạch hải đồn-tức cá heo trắng Trung Hoa). Xem bài viết đó để biết thêm các vấn đề cụ thể liên quan tới (phân) loài này mà trong phân loại của Rice được gọi là cá heo lưng bướu Thái Bình Dương.